1. Zozbierajte sedem smaragdov chaosu: Tie sú roztrúsené po úrovniach hry a všetky ich potrebujete, aby ste sa dostali do záverečnej bitky.
2. Postavte sa tvárou v tvár Dark Gaia na konci hry: Po zozbieraní všetkých siedmich smaragdov Chaosu sa stretnete s Dark Gaiou v jej skutočnej podobe, s masívnym mnohohlavým zvieraťom.
3. Využite silu smaragdov chaosu: Kombinovanú silu Emeralds použijete na očistenie Dark Gaia. To zahŕňa použitie formulára „Super Sonic“, ktorý sa odomkne nazbieraním všetkých siedmich smaragdov Chaosu.
4. Vykonajte čistenie: Vo forme Super Sonic spustíte silný útok na Dark Gaia. Tento útok nezabije Dark Gaia, ale namiesto toho ju očistí, obnoví rovnováhu sveta a vráti ho do jeho pôvodnej podoby.
Príbeh hry sa zameriava na myšlienku obnovenia skôr ako priame zabíjanie. Dark Gaia, aj keď je deštruktívna, je v konečnom dôsledku súčasťou svetovej rovnováhy a cieľom je vrátiť ju na jej právoplatné miesto.