* Individuálne silné a slabé stránky: Rôzni Pokémoni majú rôzne štatistiky, pohyby a schopnosti, vďaka čomu sú v rôznych scenároch lepší.
* Školenie a úrovne: Dobre trénovaný Pokémon na vysokej úrovni bude vždy silnejší ako ten na nízkej úrovni, bez ohľadu na jeho druh.
* Stratégia a schopnosti hráča: Spôsob, akým hráč používa svojich Pokémonov v boji, môže výrazne ovplyvniť ich efektivitu.
Niektorí Pokémoni sú však v Pokémon Crystal často považovaní za veľmi silných kvôli ich silným štatistikám a fondom pohybov:
* Mewtwo: Mewtwo, pravdepodobne najsilnejší Pokémon v celej sérii, je typu Psychic s neuveriteľnými štatistikami a prístupom k silným pohybom ako Psychic a Psybeam.
* Tyranitar: Pseudo-legendárny Pokémon s obrovským útokom a obranou, Tyranitar je sila, s ktorou treba v bitkách počítať.
* Gyarados: Vďaka svojmu charakteristickému ťahu Dragon Dance sa Gyarados môže stať neuveriteľne mocným a poraziť celé tímy.
* Dragonit: Ďalší pseudo-legendárny Pokémon, Dragonite, je výkonný lietajúci/dračí typ s veľkým pohybovým fondom.
* Alakazam: Psychický typ s neuveriteľným špeciálnym útokom, Alakazam môže byť neuveriteľne silný, keď sa používa efektívne.
* Snorlax: Hoci je Snorlax pomalý, má neuveriteľné množstvo HP a obrany, takže je ťažké ho zničiť.
V konečnom dôsledku „najsilnejší“ Pokémon v Crystal závisí od individuálnych preferencií, štýlu hry a konkrétnych výziev, ktorým čelíte.