V hre si vyberiete svojho počiatočného Pokémona z troch možností:
* Chimchar (oheň)
* Turtwig (tráva)
* Piplup (voda)
Hra vám neumožňuje vybrať si iných Pokémonov, vrátane Totodile, ako svojho počiatočného partnera.
Existujú však spôsoby, ako sa v hre stretnúť a interagovať s Totodile:
* Nábor: S Totodilem sa môžete stretnúť počas svojich dobrodružstiev a potenciálne ho naverbovať do svojho tímu, rovnako ako každého iného Pokémona.
* Obchodovanie: Pokémonov môžete obchodovať s ostatnými hráčmi online alebo cez miestne bezdrôtové pripojenie, ktoré vám môže umožniť získať Totodile.
* Špeciálne udalosti: Môžu existovať časovo obmedzené udalosti alebo stiahnuteľný obsah, ktorý predstavuje nových Pokémonov, vrátane Totodile.
Ak chcete hrať za Totodile, musíte sa pozrieť na iné hry Pokémon Mystery Dungeon alebo obsah vytvorený fanúšikmi.