1. Dialga uvoľní Time Gears, ktoré absorboval, čím obnoví tok času do normálu.
2. Hráč a jeho partner sa vrátia do Treasure Town.
3. Objaví sa Dialga a vysvetlí hráčovi a ich partnerovi, že jeho činy boli nevyhnutné na zabránenie väčšej katastrofe. Odhaľuje, že sila známa ako „temná hmota“ manipuluje s časom a spôsobuje vo svete rôzne skreslenia a závady.
4. Dialga poverí hráča a ich partnera úlohou zastaviť temnú hmotu.
5. Po tomto rozhovore bude príbeh pokračovať s hráčom a ich partnerom skúmaním dungeonov, bojom s Pokémonmi a náborom nových členov tímu, zatiaľ čo pracujú na odhalení pravdy o temnej hmote a zastavení jej hanebných plánov.