Existujú tiež obmedzenia počtu určitých kariet, ktoré môžete mať vo svojom balíčku:
* Hlavná paluba: Môžete mať iba 3 kópie akejkoľvek konkrétnej karty vo vašom hlavnom balíčku, s výnimkou základných príšer, ktoré nemajú žiadne obmedzenie (napríklad „Elemental HERO Shadow Mist“).
* Dodatočná paluba: Počet kariet Extra Deck, ktoré môžete mať, sa líši v závislosti od formátu. Napríklad vo formáte „Master Duel“ môžete mať 15 kariet vo vašom Extra balíčku, zatiaľ čo formát "TCG" umožňuje 15 kariet na extra palube.
Pamätajte, že v extra balíčku nemôžete mať viac ako jednu kópiu karty.