Keď sa použije karta zázrakov, otvorí sa špeciálne menu, kde si hráči môžu vybrať udalosť alebo tajomný darček, ku ktorému chcú mať prístup. Udalosti môžu zahŕňať špeciálne distribúcie Pokémonov alebo výzvy, zatiaľ čo Mystery Gifts môžu zahŕňať predmety, Pokémonov alebo iné odmeny.
Aby mohli hráči používať kartu Wonder Card, musia sa uistiť, že ich Nintendo DS je pripojené k internetu alebo má vytvorené lokálne bezdrôtové pripojenie. Po pripojení si môžu vybrať kartu zázrakov zo svojho inventára a aktivovať ju, aby získali prístup k súvisiacej udalosti alebo tajomnému darčeku.
Stojí za zmienku, že karty Wonder Card boli dostupné iba počas určitého časového obdobia a pre určité udalosti alebo distribúcie. Platnosť niektorých kariet zázrakov mohla vypršať alebo už nemusia byť k dispozícii, preto je vždy dobré skontrolovať podrobnosti udalosti a dostupnosť predtým, ako sa pokúsite použiť konkrétnu kartu zázrakov.