Mewtwo možno nájsť iba v hlbinách blankytnej jaskyne. Mewtwo je neuveriteľne ťažké poraziť, ak nie ste dobre pripravení. Najprv sa pred vstupom do jaskyne uistite, že ste chytili aspoň 40 Pokémonov. Budete potrebovať niekoľko silných pokémonov na vysokej úrovni, aby ste porazili rôznych pokémonov v jaskyni. Tiež sa uistite, že máte dostatok elixírov Hyper a Max.
Ak sa chcete dostať do Cerulean Cave, najprv navštívte Pokémon Center na Route 24 priamo nad Fuchsia City. Porozprávajte sa so ženou, ktorá sedí pri stole napravo, hneď ako vojdete, a opýta sa, či si chcete pozrieť prezentáciu o jaskyniach. Odpovedzte „áno“ a ona vám ukáže niekoľko snímok. Po premietaní diapozitívov vám dá mapu mesta zobrazujúcu umiestnenie blankytnej jaskyne. Vezmite túto mapu a ukážte ju policajtovi naľavo od stredu. Keď mu ukážete svoju mapu, dôstojník vás nechá prejsť. Zamierte na Route 25, čo je brána nad Route 24.
Surfujte po vode a dostanete sa na malý ostrov s ďalším dôstojníkom sediacim naľavo. Nenechá vás prejsť, kým nezískate osem odznakov z telocvične. Po získaní 8. odznaku telocvične sa vráťte späť na Route 25. Dôstojník sa presunie a vy teraz môžete pokračovať do Cerulean Cave.
Pred vstupom do jaskyne Cerulean pripravte svoj tím. Uistite sa, že máte Pokémona, ktorý pozná Surf, a Pokémona, ktorý sa dokáže naučiť Flash (napríklad Magnezone). Keď ste pripravení, vstúpte do Cerulean Cave a použite Flash. Začnite bežať vpred po ceste a vyhýbajte sa divokým Pokémonom, ktorí sa pravidelne objavujú. Pokračujte, kým sa nedostanete k rybníku; Použite Surf na prechod cez rybník a pristátie pozdĺž brehu na druhej strane.
Pokračujte touto cestou, kým neprídete k rozdvojke. Choďte doľava a choďte ďalej, kým nenatrafíte na ďalšiu križovatku s dvoma cestami. Choďte správnou cestou a pokračujte, kým sa nedostanete k ďalšiemu rybníku. Surfujte po rybníku a pristaňte na brehu na druhej strane. Hneď ako pristanete, pozrite sa dole a uvidíte Mewtwo v jame pod vašimi nohami. Ak chcete chytiť Mewtwo, nezabudnite znížiť jeho HP bez toho, aby ste ho porazili. Keď je jeho zdravie dostatočne nízke, hoďte ultra alebo lepšiu loptu, aby ste ho chytili.
Ak porazíte Mewtwo, bude navždy preč. Mewtwo sa už v blankytnej jaskyni neobjaví, ani ho nenájdete inde.