Počas hry môžu byť karty vyradené z rôznych dôvodov, ako napríklad:
- Hranie určitých kariet trénerov a pokémonov, ktoré vyžadujú, aby sa iné karty odhodili ako náklad
- Vyhadzovanie v dôsledku určitých útokov, schopností alebo efektov
- Dobrovoľné odhodenie kariet z ruky na ťahanie kariet z balíčka na konci kola
- Trest za porušenie určitých pravidiel hry, ako napríklad pokus o odohranie príliš veľkého množstva základnej energie v rovnakom ťahu.