Konštitúcie Clarendonu: Henry II vydal súbor zákonov známych ako Clarendonské ústavy v roku 1164. Tieto zákony sa snažili obmedziť moc a výsady cirkvi v Anglicku, najmä pokiaľ ide o menovanie biskupov a jurisdikciu nad duchovnými obvinenými zo zločinov. Becket ako arcibiskup z Canterbury oponoval konštitúciám ako zásahu do autonómie Cirkvi.
Cirkevná imunita: Henrich II. chcel presadiť svoju kontrolu nad duchovenstvom a dostať ich pod jurisdikciu kráľovských súdov. Becket sa na druhej strane domnieval, že duchovenstvo by malo podliehať iba cirkevným súdom, argumentujúc právom Cirkvi riadiť si svoje záležitosti.
Vymenovanie biskupov: Henrich II. chcel mať slovo pri menovaní biskupov a zabezpečiť, aby mu boli lojálni a podporovali jeho politiku. Becket trval na tom, že výber biskupov by mal byť založený výlučne na náboženských zásluhách, bez kráľovských zásahov.
Konflikt o jurisdikciu: Konflikt eskaloval, keď bol úradník menom Philip de Brois obvinený zo zločinu a nárokovali si ho kráľovské aj cirkevné súdy. Becket odmietol vydať úradníka kráľovským súdom a tvrdil, že to porušuje jurisdikciu Cirkvi.
Nezhoda medzi Henrichom II. a Becketom symbolizovala širší boj medzi monarchiou a Cirkvou o kontrolu a autoritu. Konflikt vyvrcholil zavraždením Thomasa Becketa v Canterburskej katedrále v roku 1170 rytiermi vernými Henrichovi II. Vražda Becketa viedla k výraznému odporu a nakoniec viedla k tomu, že Henrich II. urobil ústupky a opätovne potvrdil privilégiá a nezávislosť Cirkvi.