- Jeho experimentálne metódy neboli vždy prísne. Niekedy sa spoliehal na neoficiálne dôkazy a nie vždy kontroloval premenné. To viedlo k tomu, že niektoré jeho závery boli nesprávne.
- Niekedy bol príliš rýchly na to, aby zovšeobecňoval svoje experimenty. Často robil rozsiahle vyhlásenia založené na obmedzenom počte pozorovaní. To viedlo k tomu, že niektoré z jeho teórií boli príliš zjednodušené.
- Nebol vždy otvorený novým nápadom. Niekedy bol odolný voči novým teóriám, ktoré odporovali jeho vlastným. To mu zabránilo urobiť niektoré dôležité objavy.
Napriek týmto slabostiam bol Robert Boyle skvelým vedcom, ktorý významne prispel k vede. Jeho práca pomohla položiť základy modernej chémie a fyziky.