Johann Pachelbel sa narodil 1. septembra 1653 v Norimbergu. O jeho detstve a vzdelaní sa toho veľa nevie, okrem toho, že študoval hudbu u skladateľa Heinricha Schwemmera, Kapellmeister na St. Sebaldus School. V roku 1673 sa zapísal na univerzitu v Altdorfe na štúdium teológie, no v nasledujúcom roku prijal svoje prvé zamestnanie ako organista Dómu sv. Štefana v rodnom meste.
Keď Schwemmer v roku 1692 zomrel, povesť Pachelbela ako hudobníka bola pevne stanovená a nastúpil na miesto svojho bývalého učiteľa ako kapellmeister v St. Sebaldus, pričom bol poverený aj výcvikom zborovníkov zo školy vedľa. O tri roky neskôr vydal prvý z ôsmich zväzkov sakrálnych zborových diel Musikalische Sterbens-Gedancken, ktoré mali byť jedinou tlačenou hudbou jeho života. V tomto roku sa Pachelbel oženil s Barbarou Gablerovou, dcérou norimberského obchodníka s vínom Christopha Gablera.
V roku 1695, len niekoľko mesiacov po tom, čo sa stal prvýkrát otcom, bol Pachelbel náhle prepustený zo St. Sebaldus a odišiel z Norimbergu. O dôvodoch jeho náhleho prepustenia nezostali žiadne informácie, no pre Pachelbela to bola traumatizujúca skúsenosť, pretože sa po zvyšok svojej kariéry nikdy neusadil na stálom mieste.
Po niekoľkých zastávkach sa Pachelbelov život stabilizoval v roku 1699, keď získal prestížny post organistu a učiteľa v Predigerkirche (Kostol kazateľov) v Erfurte, kde mal zostať ďalších jedenásť rokov. Tam si plnil nielen povinnosti svojho postu, ale aktívne sa podieľal aj na organizovaní a vykonávaní svetskej hudby.
V roku 1703 porodila Pachelbelova manželka Barbara posledné a najväčšie z ich siedmich detí, Wilhelm Hieronymus, ktorý nasledoval v hudobných stopách svojho otca a stal sa významným organistom a skladateľom. Keď v roku 1707 zomrel vojvoda zo Saxe-Eisenachu, Pachelbela požiadali, aby pri tejto príležitosti zložil pamätnú kantátu, ktorá bola prvýkrát uvedená 15. augusta 1707.
V roku 1704 Pachelbelova manželka náhle zomrela a zanechala mu sedem malých detí, o ktoré sa musel starať. Pachelbelova kariéra dosiahla svoj vrchol v roku 1700, no v roku 1705 sa jeho život zmenil nečakane a nešťastne, keď jeho dcéra Catharina Barbara porodila nemanželského syna. Catharina Barbara bola nútená opustiť domov a stala sa slúžkou v domácnosti vojvodu zo Saxe-Eisenachu. Napriek tomuto incidentu zostal Pachelbel zadobre s vojvodom, ktorý mu priznal ročný dôchodok, ktorý dopĺňal príjem organistu.
O niekoľko rokov neskôr Pachelbel prijal novú pozíciu organistu v kostole sv. Michala v Hamburgu. Sotva sa pustil do svojich nových povinností, keď v marci 1706 zomrel na mozgovú príhodu, vo veku päťdesiatdva rokov, niekoľko dní pred prvým výročím pôsobenia ako organista v kostole sv. Michala.
Dnes je Johann Pachelbel známy najmä svojimi organovými dielami, najmä chorálovou predohrou na „Vom Himmel hoch da komm ich her“ a Chaconne f mol, ako aj Canon a Gigue D dur pre tri husle a continuo. Bol tiež významným skladateľom sakrálnych a svetských vokálnych diel, vrátane viac ako 200 sakrálnych koncertov, mnohých omší a motet.