Na konci Danny Phantom Danny porazí svojho úhlavného nepriateľa Vlada Plasmiusa a zachráni svet pred jeho zlými plánmi. Podarí sa mu tiež oslobodiť svojich rodičov zo Zóny duchov a znovu sa zjednotia ako rodina. Danny a jeho priatelia sa môžu vrátiť do svojho bežného života, no teraz si uvedomujú svet duchov a zodpovednosť, ktorá s ním súvisí.
Séria končí tým, že Danny a jeho priatelia odlietajú do západu slnka, pripravení čeliť všetkým výzvam, ktoré im prídu do cesty.