1. Konflikt s vonkajším svetom: Santiago počas svojej cesty čelí rôznym vonkajším prekážkam. Patria sem:
* Nebezpečenstvo púšte: Stretáva sa so zlodejmi, drsným počasím a neustálou hrozbou dehydratácie a hladovania.
* Kultúrne rozdiely a predsudky: Čelí podozrievavosti a nedôvere ľudí rôznych kultúr a prostredí, najmä v púšti.
* Výzva prekonať vlastný strach a neistotu: To zahŕňa jeho strach zo straty všetkého, jeho pochybnosti o vlastných schopnostiach a tlak spoločenských očakávaní.
2. Konflikt s Jeho Vnútorným Ja: Santiago zažíva počas svojej cesty významný vnútorný boj, ktorý zápasí s:
* Jeho pochybnosti a obavy: Spochybňuje svoje schopnosti a platnosť svojho sna, často podľahne strachu a odkladaniu.
* Pokušenie pohodlia a bezpečnosti: Je v pokušení opustiť svoju cestu a vrátiť sa k svojmu známemu životu, obetujúc svoj sen za pohodlnú existenciu.
* Boj o udržanie svojej viery: Santiago si musí neustále pripomínať svoju vieru v Osobnú legendu a prekonávať skepticizmus a negativitu, ktorá vyplýva z jeho vlastného vnútorného hlasu a sveta okolo neho.
Tieto vonkajšie i vnútorné konflikty sa prelínajú a prispievajú k celkovej téme knihy, ktorou je dôležitosť nasledovať svoje sny a vydať sa na cestu sebapoznania.