Presná príčina jeho smrti nie je známa, ale verí sa, že bol infarkt Kvôli tvrdým podmienkam trval. Bol nájdený mŕtvy v blízkosti svojho stanu a jeho telo bolo pochované pod snežnom.
Je dôležité poznamenať, že Wegenerova teória kontinentálneho driftu, ktorú navrhol v roku 1912, nebola počas jeho života všeobecne akceptovaná. Zomrel relatívne neznámy vedec, ale jeho priekopnícka teória sa nakoniec ukázala ako správna a teraz je považovaný za jednu z najdôležitejších osobností v histórii geológie.