- "Prečo kríž?" (1901) :
Toto je jeho najznámejšie dielo, ktoré predstavuje teologické zdôvodnenie ukrižovania Ježiša Krista a to, ako to znamená Božiu lásku a milosť.
- „Bojisko duše:Štúdia vedy o posvätení“ (1903) :
Táto kniha skúma duchovnú cestu kresťana a to, ako by sa veriaci mali snažiť o osobnú svätosť a víťazstvo vo svojich vnútorných zápasoch.
- "Tajomstvo šťastného dňa" (1904) :
Cieľom tejto knihy je inšpirovať jednotlivcov, aby našli šťastie a spokojnosť tým, že sa priblížia k Bohu a prijmú život v duchovnej premene.
- „Život, ktorý víťazí“ (1906) :
Toto dielo vyzdvihuje dôležitosť životaschopného a víťazného kresťanského života, pričom zdôrazňuje potrebu pevnej viery a dôsledného odovzdania sa do Božej vôle.
- "Kľúč kráľovstva" (1907) :
V tejto knihe Johnstone vysvetľuje učenie Ježiša Krista a zdôrazňuje význam osobného učeníctva a života podľa Božích prikázaní.
- „Istá cesta spásy“ (1909) :
Táto práca poskytuje priame a stručné vysvetlenie toho, ako môžu jednotlivci získať spasenie prostredníctvom viery v Ježiša Krista.
- „Veľkosť Boha“ (1919) :
Táto kniha sa ponorí do vznešenosti a suverenity Boha, pričom sa zameriava na Jeho vlastnosti a na to, ako ovplyvňujú ľudské chápanie a uctievanie.
- "Kríž a jeho význam" (1930) :
Johnstone sa vracia k významu Kristovho ukrižovania a objasňuje jeho mnohostranné dôsledky pre ľudskú spásu a zmierenie s Bohom.
Toto sú niektoré z najvýznamnejších spisov Johna Chalmersa Johnstonea, ktoré demonštrujú jeho teologickú hĺbku a duchovný vplyv, ktorý mal počas rokov na mnohých čitateľov.