Román je napísaný z pohľadu Bruna, deväťročného nemeckého chlapca, ktorý si neuvedomuje skutočnú povahu otcovej práce a zverstiev spáchaných v koncentračnom tábore pri ich dome. Brunovými očami sú čitatelia svedkami ostrého kontrastu medzi privilegovaným životom, ktorý vedie, a drsnou realitou, ktorej čelia Shmuel a ďalší väzni v tábore.
Boyneovo stvárnenie postáv zdôrazňuje deštruktívne účinky vojny a predsudkov na jednotlivcov aj spoločnosť. Brunova premena z naivného dieťaťa na niekoho, kto začína spochybňovať svet okolo seba, zdôrazňuje dôležitosť vzdelania a empatie v boji proti nenávisti a intolerancii. Priateľstvo medzi Brunom a Shmuelom, napriek prekážkam, ktoré im okolnosti ukladajú, slúži ako silný symbol odolnosti ľudského ducha aj tvárou v tvár nepredstaviteľnému utrpeniu.
Boynovo použitie jednoduchého jazyka a priameho rozprávania navyše umožňuje, aby závažnosť udalostí hlboko zarezonovala u čitateľov, mladých aj starých. Prezentáciou hrôz holokaustu cez optiku dieťaťa sprostredkuje hlboký dopad týchto udalostí bez toho, aby sa uchyľoval ku grafickým opisom. Tento prístup podčiarkuje univerzálne posolstvo, že vojna a neznášanlivosť sú ničivé sily, proti ktorým sa treba postaviť a ktoré treba odstrániť.
Celkovo „Chlapec v pruhovanom pyžame“ slúži ako dojímavá pripomienka dôsledkov nekontrolovateľných predsudkov a nenávisti a silne obhajuje mier, toleranciu a porozumenie medzi ľuďmi z rôznych prostredí.