Tento album mnohí považujú za magnum opus Flaming Lips. Ide o koncepčný album, ktorý rozpráva príbeh robota menom Yoshimi, ktorý bojuje so zlou mimozemskou rasou. Album je plný experimentálnych zvukov a psychedelických efektov a obsahuje niektoré z najznámejších skladieb kapely, ako napríklad "Do You Realize?" a "Yoshimi Battles the Pink Robots, Pt. 1".
* Soft Bulletin (1999)
Tento album je ďalšou klasikou Flaming Lips. Je to experimentálnejší a psychedelickejší album ako Yoshimi Battles the Pink Robots a obsahuje niektoré z najkrajších a najstrašidelnejších piesní skupiny, ako napríklad „Race for the Prize“ a „Waitin' for a Superman“.
* Embryonálne (2009)
Tento album je návratom k experimentálnejším koreňom Flaming Lips. Je to hlučný, chaotický a psychedelický album, ktorý je plný prekvapení. Nie je pre každého, no pre fanúšikov experimentálnej hudby si ju musia vypočuť.
* Vo vojne s mystikmi (2006)
Tento album je politicky a sociálne uvedomelejší ako predchádzajúce albumy Flaming Lips. Obsahuje piesne o vojne, chudobe a ničení životného prostredia. Je to silný a dojemný album, ktorý určite zanechá trvalý dojem.
* Americká hlava (2006)
Tento album je priamočiarejší rockový album ako predchádzajúce vydania Flaming Lips. Obsahuje niektoré z najchytľavejších a najhymnémnejších skladieb skupiny, ako napríklad „The W.A.N.D.“ a "Koho miluješ?".