Petrucci používa gitary Ernie Ball Music Man od začiatku 90. rokov a jeho signature modely patria medzi najobľúbenejšie gitary na svete. Medzi jeho typické modely patria John Petrucci Majesty, John Petrucci BFR a John Petrucci JPX.
Ibanez
Petrucci tiež používal gitary Ibanez v 80. a začiatkom 90. rokov. Jeho najznámejšia gitara Ibanez je Ibanez RG550, ktorú použil na prvých dvoch albumoch Dream Theater.
Fender Stratocaster
Petrucci tiež príležitostne použil gitary Fender Stratocaster, najmä pre čisté a bluesové tóny.