* Klavír: V rozhovoroch spomínal hru na klavíri a dokonca na ňom vystupoval v niektorých svojich úlohách.
* Gitara: V niektorých televíznych vystúpeniach ho videli hrať na gitare a dokonca vystupoval s kapelou.
* bicie: Svoje bubenícke umenie predviedol v niekoľkých vystúpeniach.
* Ukulele: Vo svojom dome má ukulele a prejavil záujem sa ho naučiť.
Aj keď nie je profesionálnym hudobníkom, zdá sa, že Neil Patrick Harris rád hrá na rôzne nástroje pre zábavu a dokonca ich zakomponoval do svojej práce.