Tu sú niektoré z najznámejších Bachových skladieb pre každý nástroj:
Klavier:
- Dobre temperovaný klavír (dve sady prelúdií a fúg vo všetkých 24 durových a molových tóninách)
- Goldbergove variácie
- francúzske suity
- anglické suity
- Partitas
- Vynálezy a Sinfonie
Orgán:
- Toccata a fúga d mol
- Predohra a fúga E-dur
- Fantázia a fúga g mol
- Passacaglia a fúga c mol
- Chorálové predohry
Husle:
- Sonáty a partity pre sólové husle
- Koncert pre dvojité husle
- Husľové koncerty č. 1 a 2
Viola da gamba:
- Šesť apartmánov pre Viola da Gamba
- Sonáty pre violu da Gamba a čembalo
Violončelo:
- Šesť suít pre violončelo
- Koncerty pre violončelo č. 1 a 2
- Suity pre violončelo
Fluna:
- Sonáty na flautu
- Koncerty pre flautu
Hoboj:
- Hobojové koncerty
- Sonáty pre hoboj
Fagot:
- Fagotový koncert
- Fagotové sonáty
Trubka:
- Brandenburský koncert č. 2
- Koncert na trúbku D dur
Trombon:
- Brandenburský koncert č. 1
- Chorálové predohry s trombónmi
Bachove skladby zahŕňajú aj početné vokálne diela, ako sú kantáty, motetá, pašije a oratóriá. Medzi jeho najznámejšie vokálne diela patria:
- Matúšove pašie
- svätojánske pašie
- omša h mol
- Magnificat
- Vianočné oratórium
- Veľkonočné oratórium