Hudobné obrady sú neoddeliteľnou súčasťou šintoistických zvykov a hudobné nástroje ako bubny a flauty majú obrovský význam. Najmä bubny sa považujú za posvätné a hrajú sa rytmicky, aby vzbudili emócie božstiev a pritiahli ich k obradom.
Šintoistická hudba je rôznorodá a zahŕňa starodávnu rituálnu hudbu aj moderné úpravy, ktoré zachovávajú tradičné prvky. Slávnostná hudba Kagura je stelesnením rituálnej hudby, ktorú predvádzajú kňazi a kňažky počas veľkých festivalov. Gagaku, dvorný hudobný žáner, spája pôvodné japonské melódie s čínskymi vplyvmi a hrá sa počas obradov najvyššieho významu.
Vplyv šintoistickej hudby prenikol do iných oblastí japonskej kultúry, vrátane divadla Noh a ľudových rituálov. Japonská hudba si zachováva úzke spojenie s národnými šintoistickými koreňmi a hudobné zložky z týchto rituálov sa naďalej odrážajú v súčasných umeleckých praktikách.