Mozart a Schikaneder na tvorbe opery úzko spolupracovali. Dielo spočiatku koncipovali ako rozprávkovú operu, no postupom času sa vyvinulo do vážnejšieho a komplexnejšieho diela, ktoré skúmalo témy lásky, priateľstva, hľadania múdrosti a osvietenia.
Mozartova hudba pre Čarovnú flautu je charakteristická svojou krásou, pestrosťou a emocionálnou hĺbkou. Opera obsahuje širokú škálu hudobných čísel vrátane árií, duet, súborov a zborov, ako aj inštrumentálnych pasáží, ktoré umocňujú dramatickosť príbehu.
Úspech Čarovnej flauty zabezpečil Mozartovi povesť jedného z najväčších skladateľov opery. Naďalej sa pravidelne hrá po celom svete a považuje sa za jedno z majstrovských diel opernej literatúry.