Zafarbenie flauty je určené množstvom faktorov, vrátane materiálov použitých na výrobu nástroja, dizajnu nástroja a spôsobu, akým sa naň hrá. Flauty sú zvyčajne vyrobené z dreva alebo kovu a rôzne materiály vytvárajú rôzne farby. Drevené flauty majú teplejší a jemnejší zvuk, zatiaľ čo kovové flauty majú jasnejší a prenikavejší zvuk. Dizajn flauty ovplyvňuje aj jej zafarbenie. Napríklad flauty s väčším otvorom majú tmavší, rezonančnejší zvuk, zatiaľ čo flauty s menším otvorom majú jasnejší a sústredenejší zvuk. Spôsob, akým sa na flautu hrá, ovplyvňuje aj jej zafarbenie. Hráči môžu napríklad použiť rôzne náplasti (spôsob, akým tvoria svoje pery), aby vytvorili rôzne zvuky. Hráči môžu tiež použiť rôzne techniky artikulácie (spôsob, akým začínajú a zastavujú tóny), aby vytvorili rôzne efekty.
Zafarbenie flauty je dôležitou súčasťou jej hudobnej identity. To dáva flaute jej jedinečný zvuk a robí ju tak všestranným nástrojom. Flauty sa používajú v širokej škále hudobných žánrov, od klasiky cez jazz až po rock.