- Hudba orchestra:
- Brandenburské koncerty (1721)
- Orchestral Suites (1720-1723)
- husľové koncerty (1717-1723)
- Hudba na klávesnici:
- Dobre temperovaný klavír (1722, 1744)
- Goldbergove variácie (1741)
- francúzske suity (1722-1725)
- Vynálezy a sinfonie (1723)
- Organová hudba:
- Toccata a fúga d mol (asi 1703-1707)
- Passacaglia a fúga c mol (asi 1708)
- Predohra a fúga G dur (asi 1730-1735)
- Vokálna hudba:
- Matúšove pašie (1727)
- Umučenie svätého Jána (1724)
- Magnificat (1723)
- Vianočné oratórium (1734-1735)
- Iné diela:
- Das Musikalische Opfer (Hudobná ponuka) (1747)
- Umenie fúgy (asi 1749-1750)
- kantáty (viac ako 200)
- omše (6)