1. Pokusy o nábor Tamino: Na začiatku opery sa objaví Kráľovná noci, ktorá hľadá pomoc u mladého princa Tamina. Daruje mu magický portrét svojej dcéry Paminy a žiada ho, aby ju zachránil z pazúrov Sarastra, veľkňaza Chrámu múdrosti.
2. Udeľuje magické predmety: Kráľovná noci vybaví Tamina magickou flautou a Papagena, lapača vtákov, magickou zvonkohrou. Tieto magické nástroje sú rozhodujúce, aby im dvom pomohli prekonať prekážky a očariť tých, s ktorými sa na svojej ceste stretnú.
3. Úklady proti Sarastrovi: Kráľovná noci prechováva hlbokú nevôľu voči Sarastrovi, o ktorom je presvedčená, že uniesol Paminu a drží ju proti jej vôli. Pokúša sa zmanipulovať a oklamať Tamina a Papagena, aby pracovali proti Sarastrovi a jeho nasledovníkom.
4. Nastaví skúšky pre Tamino: Tamino a Papageno podstupujú niekoľko skúšok a výziev, ktoré predložil Sarastro. Kráľovná noci sa snaží zasiahnuť a ovplyvniť tieto skúšky pomocou svojej mágie a prefíkanosti, aby zabránila ich úspechu.
5. Konfrontácia so Sarastrom: V záverečnej scéne Kráľovná noci konfrontuje Sarastra v jeho chráme, obviňuje ho zo zrady a požaduje prepustenie Paminy. Sarastro odhaľuje pravú podstatu svojich zámerov, ktoré sú skôr vznešené a múdre ako zlomyseľné.
6. Porážka a vyhnanie: Kráľovnú noci nakoniec porazí Sarastro a jeho sily. Je vylúčená z ríše svetla a jej sila je znížená. Jej dcéra Pamina sa opäť stretáva s Taminom a víťazia nad silami temnoty.