* Nebezpečenstvo arogancie: Pokus bratov Elricových použiť alchýmiu na oživenie svojej matky vedie k ich vlastnému zmrzačeniu, zdôrazňujúc potenciálne nebezpečenstvo nekontrolovateľných ambícií a honby za poznaním bez toho, aby pochopili jeho úplné dôsledky.
* Hľadanie pravdy: Séria skúma povahu pravdy a to, ako môže byť skreslená alebo manipulovaná, najmä v kontexte armády a programu Štátny alchymista.
* Význam ľudského spojenia a empatie: Séria zdôrazňuje hodnotu ľudských vzťahov a to, ako môžu pomôcť jednotlivcom orientovať sa v zložitosti ich vlastných skúseností. Je to evidentné v silných putách medzi bratmi Elricovými, ako aj v rôznych vzťahoch, ktoré si počas svojej cesty vytvárajú.
* Etické dôsledky vedeckého pokroku: Fullmetal Alchemist zápasí s etickými dilemami, ktoré predstavujú výkonné technológie, ako je alchýmia, a potenciál zneužitia. Povzbudzuje publikum, aby zvážilo zodpovednosť, ktorá prichádza so znalosťami a ich aplikáciami.
V konečnom dôsledku séria naznačuje, že aj keď je honba za poznaním hodnotná, musí byť vyvážená múdrosťou, empatiou a hlbokým pochopením jej potenciálneho vplyvu na svet a ľudí okolo nás.