Tu sú niektoré zo špecifických intelektuálnych hodnôt Fantóma opery:
* Skúmanie lásky a posadnutosti: Román skúma zložitý vzťah medzi Fantómom a Christine Daaé. Fantóm je Christine posadnutý a nezastaví sa pred ničím, aby si získal jej lásku, aj keby to znamenalo uchýliť sa k násiliu. Christine je tiež priťahovaná k Fantómovi, no odpudzuje ju aj jeho temná stránka. Román skúma napätie medzi láskou a posadnutosťou a deštruktívnu silu oboch.
* Skúmanie podstaty umenia: Román tiež skúma povahu umenia a úlohu umelca. The Phantom je skvelý hudobník, ale je to aj monštrum. Román nastoľuje otázku, či možno umenie oddeliť od umelca a či je možné, aby bol veľký umelec dobrým človekom.
* Historický dokument: Cenným historickým dokumentom je aj Fantóm opery. Poskytuje pohľad do sveta Paríža 19. storočia a sveta opery. Román je plný detailov o architektúre Paríža, kostýmoch opery a živote ľudí, ktorí pracovali v divadle.
Fantóm opery je zložitý a náročný román, ktorý odmeňuje pozorné čítanie a analýzu. Ide o umelecké dielo, ktoré obstálo v skúške času a naďalej sa teší obľube čitateľov na celom svete.