Konflikt príbehu zdôrazňuje skôr emócie, pomstu a súhru medzi spoločenskými predsudkami a vnútorným bojom než skúmanie interakcie medzi ľudstvom a prírodou. Navyše, keďže väčšina udalostí sa odohráva v rámci Palais Garnier, prírodné prvky nie sú v tomto príbehu zvlášť zdôraznené. Preto neexistuje konflikt medzi ľudstvom a prírodou, ktorý poháňa rozprávanie v „Fantómovi opery“.