Príbeh sa odohráva v Neapole a rozpráva príbeh dvoch mladých mužov Ferranda a Guglielma, ktorí sú zamilovaní do dvoch sestier Fiordiligi a Dorabelly. Muži sú presvedčení, že ich milované sú verné, no Don Alfonso, starší priateľ, ich vyzve na stávku. Staví sa, že dokáže prinútiť ženy, aby sa zamilovali do iných mužov.
Plán dona Alfonsa zahŕňa presvedčenie Ferranda a Guglielma, aby predstierali, že idú do vojny. Hneď ako odídu, predstaví ženám dvoch nových mužov, Donati a Iocane. Muži si navádzajú na ženy a tie sa spočiatku bránia ich postupu. Postupom času však začnú slabnúť.
Nakoniec sa Ferrando a Guglielmo vrátia z vojny. Sú šokovaní a so zlomeným srdcom, keď zistia, že ich snúbenice boli neverné. Don Alfonso však prezrádza, že to celé bol trik. Chcel mužom ukázať, že ženy nie sú vždy také verné, ako sa zdajú.
Cosi fan tutte je komická opera, no obsahuje aj prvky tragédie. Postavy stoja pred ťažkými voľbami a nakoniec sa musia rozhodnúť, čo je pre nich najdôležitejšie. Opera je skúmaním lásky, vernosti a povahy medziľudských vzťahov.