* Nevinnosť a nevedomosť: Brunova naivita je ústredným prvkom románu. Nechápe skutočnú povahu koncentračného tábora ani nebezpečenstvo, ktoré predstavuje. Táto nevinnosť zdôrazňuje ostrý kontrast medzi Brunovým svetom a realitou holokaustu.
* Priateľstvo a spojenie: Brunovo priateľstvo so Shmuelom, chlapcom na druhej strane plota, prekračuje bariéry predsudkov a strachu. Ich vzťah ukazuje silu ľudského spojenia tvárou v tvár nepriazni osudu.
* Nebezpečenstvo slepej poslušnosti: Brunov otec, vysoký nacistický dôstojník, predstavuje nebezpečenstvo bezvýhradnej poslušnosti voči autorite. Je spolupáchateľom hrôz holokaustu, aj keď si úplne neuvedomuje ich rozsah.
* Povaha predsudkov a diskriminácie: Román odhaľuje ničivé dôsledky predsudkov a diskriminácie. Brunov prvotný strach z „ľudí v pruhovaných pyžamách“ pramení z propagandy a dezinformácií, ktorým bol vystavený.
* Sila empatie a súcitu: Napriek počiatočnému strachu a nevedomosti si Bruno vybuduje empatiu k Shmuelovi a ostatným väzňom. Táto empatia spochybňuje dehumanizujúce ideológie nacistického režimu.
* Strata detstva: Brunova strata nevinnosti a trauma, ktorú prežíva, predstavujú stratu detstva, ktorú počas holokaustu utrpelo nespočetné množstvo detí.
* Vplyv holokaustu na rodiny: Román poukazuje na ničivý dopad holokaustu na rodiny, židovské aj nežidovské. Brunova rodina je zničená vojnou a Shmuelova rodina je zničená nacistickým režimom.
„Chlapec v pruhovanom pyžame“ využíva Brunov nevinný pohľad na odhalenie temnej reality holokaustu a nastolenie dôležitých otázok o ľudskej povahe, predsudkoch a sile empatie a súcitu.