Čajkovskij zomrel 6. novembra 1893 (25. októbra podľa starého ruského juliánskeho kalendára) na choleru, ktorá bola vtedy vážnym problémom verejného zdravia a mohla sa rýchlo šíriť, ak by sa infikovaná voda konzumovala nevedomky. Aj keď sa to dnes môže mnohým zdať „nezvyčajné“, prepuknutia cholery neboli v tom čase obzvlášť neobvyklé.
V tom čase v okolí Petrohradu (dnešný Leningrad v Rusku), kde Čajkovskij sídlil, vypukla cholera. Nanešťastie sa nakazil baktériami, ktoré počas niekoľkých dní vážne ovplyvnili jeho zdravie a nakoniec prispeli k jeho smrti.
Aby sa predišlo neskorším špekuláciám a kontroverziám, diagnóza od lekárov uvádzala pravdepodobnú infekciu z kontaminovanej vody alebo neprevareného jedla, ktoré mohol Čajkovskij neúmyselne skonzumovať. Neexistujú žiadne nezvyčajné teórie o jeho zániku okrem jeho choroby vedúcej k smrti.