* Dualita ľudskej povahy: Toto je najvýraznejšia téma. Román skúma neodmysliteľný konflikt medzi dobrom a zlom v každom jednotlivcovi. Jekyll predstavuje úctyhodnú, dobre mienenú stránku ľudskej povahy, zatiaľ čo Hyde stelesňuje temné, prvotné nutkania, ktoré sa skrývajú pod povrchom.
* Nebezpečenstvo potláčania vlastnej podstaty: Pokusom potlačiť svoje temnejšie pudy ich Jekyll nakoniec uvoľní vo forme Hyda. Príbeh naznačuje, že popieranie alebo potláčanie častí seba samého môže byť deštruktívne.
* Sila vedy a jej potenciál zneužitia: Jekyllove experimenty s premenou na Hyda predstavujú aroganciu vedy, myšlienku, že ľudské bytosti sa môžu hrať na Boha a manipulovať s prírodou. Príbeh varuje pred nekontrolovanou honbou za poznaním a jeho potenciálne škodlivými následkami.
* Dôsledky hriechu a vykúpenia: Hydeove činy predstavujú dôsledky oddávania sa zlým túžbam. Príbeh tiež skúma možnosť vykúpenia, keď sa Jekyll snaží odčiniť svoje činy a nakoniec čelí následkom svojich rozhodnutí.
* Povaha identity: Jekyllova premena na Hyda vyvoláva otázky o povahe identity. Je identita pevná alebo tekutá? Môže sa človek skutočne oddeliť od temnejších stránok svojej osobnosti?
* Sociálne pokrytectvo a viktoriánska morálka: Román kritizuje rigidný morálny kódex viktoriánskej spoločnosti a pokrytectvo, ktoré je často jeho základom. Jekyllova premena na Hyda odhaľuje temné spodné prúdy, ktoré existujú pod povrchom zdanlivo slušnej spoločnosti.
Toto sú len niektoré z hlavných tém skúmaných v "Dr. Jekyll a pán Hyde." Román naďalej rezonuje u čitateľov, pretože sa ponorí do nadčasových otázok o ľudskej povahe, morálke a zložitom vzťahu medzi dobrom a zlom.