Našli ju mŕtvu vo svojej kancelárii v Greenwich Village v New Yorku. Jej smrť bola označená za vraždu v dôsledku ručného uškrtenia a poranenia hlavy tupou silou .
Prípad sa pôvodne považoval za možnú samovraždu, ale následné vyšetrovanie ukázalo, že Shelly zavraždil stavebný robotník menom Diego Pillco .
Pillco, ktorý pracoval na budove, kde bola Shellyina kancelária, sa priznal k zločinu a bol odsúdený za zabitie .
Shellyina smrť bola pre filmový priemysel tragickou stratou a jej odkaz naďalej inšpiruje začínajúcich filmárov.