V priebehu storočí však boli okolo Autorstva Shakespeara rôzne teórie a kontroverzie. Medzi najobľúbenejšie alternatívne teórie patrí:
* Teória grófa z Oxfordu: Táto teória naznačuje, že Edward de Vere, 17. gróf z Oxfordu, bol skutočným autorom Shakespearových diel.
* Baconianská teória: Francis Bacon, renomovaný filozof a štátnik, je podľa tejto teórie navrhovaný ako skutočný spisovateľ.
* MARLOWE TEÓRIA: Táto teória pripisuje Christophera Marloweho, iného dramatika, ako skutočný autor Shakespearových diel.
Zatiaľ čo tieto alternatívne teórie majú svoje vlastné argumenty, nedostatok konkrétnych dôkazov a drvivý súbor nepriamych dôkazov ukazujúcich na Williama Shakespeara, pretože autor viedol veľkú väčšinu vedcov a kritikov k presvedčeniu, že je skutočným spisovateľom.
Je dôležité si uvedomiť, že autorstvo Shakespearových hier zostáva témou prebiehajúcej diskusie a diskusie.