Hlavným zlým zloduchom vo filme Phineas a Ferb je Dr. Doofenshmirtz .
Je to praštěný, ale trochu hrozivý vedec, ktorý sa neustále snaží ovládnuť Trojštátnu oblasť svojimi vynálezmi, no vždy zlyhá, pretože Phineas a Ferb neustále maria jeho plány. On je tiež známy pre jeho heslo, "Curse you, Perry the Platypus!".