Itachiho akt eliminácie klanu Uchiha nebol len bezduchý masaker, ale komplexné rozhodnutie odvodené z niekoľkých motívov a okolností:
Zabránenie občianskej vojne:Klan Uchiha prechovával odpor voči vedeniu dediny Konoha a plánoval štátny prevrat s cieľom zvrhnúť Tretieho Hokagea. Itachi ako dvojitý agent sa ujal toho, aby zabránil zradným činom klanu uvrhnúť dedinu do chaosu a krviprelievania.
Ochrana Konohy:Itachiho lojalita ku Konohe bola neústupná. Uprednostnil bezpečnosť celej dediny, vrátane nevinných civilistov, pred ašpiráciami vlastného klanu po moci. Vyhladením klanu Uchiha zabránil potenciálnemu konfliktu, ktorý by mal za následok zničenie Konohy.
Danzov vplyv:Itachi bol ovplyvnený a manipulovaný Danzom Shimurom, vysokým predstaviteľom Konohy, ktorý mu nariadil vyhubiť klan Uchiha pod zámienkou ochrany dediny. Itachiho činy boli poháňané jeho odhodlaním chrániť dedinu a jeho neochvejným dodržiavaním autorít.
Sparting Sasuke:Napriek vyhladeniu svojho klanu, Itachi ušetril svojho mladšieho brata Sasukeho. Itachiho láska k bratovi ho motivovala ušetriť Sasukeho život, aj za cenu, že sa stane najhľadanejším zločincom v dedine a vydrží Sasukeho nenávisť. Itachi dúfal, že jeho smrť v rukách Sasukeho poskytne jeho bratovi motiváciu a silu stať sa silnejším.
Emocionálna trauma:Zabitie svojho klanu a izolácia, ktorej čelil, zanechali na Itachiho psychike hlbokú emocionálnu jazvu. Vinu a bolesť za svoje činy si niesol celý život.
Itachiho rozhodnutie bolo výsledkom zložitých okolností, rozdelenej lojality a obrovskej obety. Bola to pochmúrne nevyhnutná voľba, ktorej cieľom bolo zachovať mier Konohy, chrániť jeho brata a zabezpečiť, aby budúcnosť dediny zostala bezpečná, a to aj za cenu jeho povesti a blahobytu.