Danforth bol zapojený do procesov od začiatku a bol prítomný na mnohých vyšetreniach a pojednávaniach. Obvinených často vypočúval a tlačil na nich, aby priznali vinu. Zohral úlohu aj pri vynesení rozsudku nad obvinenými a podpísal mnohé z rozsudkov smrti.
Danforthove činy počas súdnych procesov boli široko kritizované historikmi a právnymi expertmi. Často je považovaný za symbol excesov v procesoch s čarodejnicami v Saleme a nebezpečenstva, keď sa nechá hystéria a predsudky prevýšiť rozum a spravodlivosť.