Matilda tiež čelí problému, ako sa vysporiadať s tyranskou riaditeľkou svojej školy, slečnou Trunchbullovou, ktorej drsné a represívne metódy vytvárajú pre študentov nepriateľské prostredie. Matilda sa rozhodne postaviť sa proti nej pomocou svojich mimoriadnych mentálnych schopností vrátane telekinézy, aby odhalila krutosť a neschopnosť slečny Trunchbullovej a priniesla pozitívne zmeny v škole.
Ďalším problémom, ktorému čelí, je dosiahnuť spravodlivosť pre slečnu Honey, dobrosrdečnú učiteľku, s ktorou sa slečna Trunchbullová správa zle. Matildino úsilie pomôcť slečne Honey nakoniec viedlo k odstráneniu slečny Trunchbullovej a šťastnejšiemu prostrediu pre študentov v škole.