Morrisonova smrť nastala v Paríži vo Francúzsku, kde žil so svojou partnerkou Pamelou Courson. 2. júla 1971 našiel Courson Morrisona v bezvedomí vo vani svojho bytu. Zavolala pomoc a Morrisona urýchlene previezli do nemocnice, kde ho po príchode vyhlásili za mŕtveho.
Presné okolnosti vedúce k Morrisonovej smrti neboli nikdy úplne objasnené. Niektoré zdroje tvrdia, že zomrel na predávkovanie drogami, iné naznačujú, že mohol trpieť infarktom alebo kombináciou faktorov. V pitevnej správe sa uvádzalo, že Morrison pred smrťou požil veľké množstvo alkoholu a heroínu.
Teórie o Morrisonovej smrti kolujú dodnes a zostáva jednou z najtrvalejších záhad v histórii rockovej hudby. Morrisonov predčasný skon v tak mladom veku pridal na jeho ikonickom statuse a urobil z neho symbol excesov a tragédií, ktoré často sprevádzajú svet rokenrolu.