V hre Pokémon Crystal cestujete medzi mestami rôznymi spôsobmi:
* Chôdza: Najbežnejšia metóda, najmä na začiatku hry.
* Na bicykli: Dostupné, keď získate bicykel z cyklistickej cesty v Goldenrod City.
* Loď: Používa sa na cestovanie medzi určitými mestami, napríklad z New Bark Town do Violet City.
* Vlak: Používa sa na cestovanie do určitých miest, napríklad z mesta Goldenrod do mesta Ecruteak. Kúpite si lístky na vlak, aby ste mohli jazdiť, ale neexistuje vyhradený „železničný preukaz“.
Hra nemá systém rail pass ako niektoré neskoršie hry Pokémon, ako napríklad Pokemon Diamond, Pearl a Platinum.