Butik navrhol priateľ a umelecký spolupracovník Beatles Simon Posthuma, ktorý navrhol aj obaly ich albumov a ďalší propagačný materiál. Malo ísť o maloobchodnú predajňu s tovarom súvisiacim s Beatles a ďalšími umelcami spojenými s Apple Records, vrátane oblečenia, doplnkov a domácich potrieb.
Obchod bol známy svojou farebnou a psychedelickou výzdobou, ktorá odrážala estetiku konca 60. rokov. Tiež obsahoval predmety navrhnuté samotnými Beatles, ako sú tričká, šatky a šperky.
Apple Boutique však od začiatku čelil výzvam vrátane nedostatku manažérskych skúseností, zlého finančného hospodárenia a konkurencie z iných obchodov. Beatles sa tiež stretli s problémami s prenájmom nehnuteľnosti a nezhodami medzi nimi a ich poradcami o smerovaní obchodu.
V dôsledku toho sa Apple Boutique zatvoril v auguste 1968 už po roku prevádzky. Beatles utrpeli značné finančné straty z tohto podniku a zatvorenie obchodu znamenalo koniec ich priamej účasti v maloobchode.