* Čestná légia (Légion d'honneur) , najvyššie francúzske vyznamenanie za zásluhy, mu bolo udelené v rokoch 1878 a 1881.
* Copleyho medaila (1874) , jedno z najstarších a najprestížnejších vedeckých ocenení od Kráľovskej spoločnosti v Londýne.
* Albertova medaila (1882) , ktorú udeľuje Kráľovská spoločnosť umení ako uznanie za jeho výnimočný prínos v oblasti vedy a techniky.
* Bol tiež zvolený do niekoľkých prestížnych akadémií , vrátane Francúzskej akadémie vied, Kráľovskej spoločnosti v Londýne a Akadémie Française.
To sú len niektoré z mnohých ocenení a vyznamenaní, ktoré Louis Pasteur počas svojej kariéry získal. Je všeobecne považovaný za jedného z najvýznamnejších vedcov všetkých čias a jeho práca mala hlboký vplyv na ľudské zdravie a pohodu.