1. Rytier Veliteľ Rádu talianskej koruny :V roku 1889 taliansky kráľ Umberto I. vyznamenal Flaglera titulom rytier Veliteľ Rádu talianskej koruny. Toto prestížne ocenenie mu bolo udelené ako uznanie za jeho prínos k rozvoju turizmu na Floride.
2. Čestná légia :V roku 1904 bol Flaglerovi udelený Rad čestnej légie, čo je najvyššie vyznamenanie udelené vládou Francúzska. Táto pocta bola udelená Flaglerovi za jeho úspechy v hotelovom priemysle a jeho prínos k rozvoju Francúzskej riviéry.
3. Rooseveltova medaila :V roku 1915 Flagler dostal Rooseveltovu medailu od Národnej občianskej federácie, prestížnej organizácie, ktorá sa venuje presadzovaniu sociálnych a ekonomických reforiem. Medaila bola udelená ako uznanie Flaglerovej vízie, vodcovstva a filantropie.
4. Čestné tituly :Flagler bol za svoje úspechy ocenený aj niekoľkými vzdelávacími inštitúciami. Okrem iného získal čestné tituly na Stetson University, Rollins College a University of Florida. Tieto tituly uznali jeho prínos k vzdelávaniu a jeho záväzok k rozvoju vedomostí.
5. Občianske a komunitné vyznamenania :Okrem týchto formálnych ocenení bol Flagler počas svojho života ocenený aj rôznymi občianskymi a komunitnými organizáciami. Získal množstvo plakiet, certifikátov a rezolúcií, ktoré uznávajú jeho prínos k rastu a rozvoju rôznych regiónov na Floride.
Tieto ocenenia a vyznamenania odzrkadľujú vysokú úctu, ktorú Flagler mal počas svojho života. Bol všeobecne uznávaný pre jeho vizionárskeho ducha, jeho odhodlanie budovať turistický priemysel na Floride a jeho filantropické snahy, ktoré zanechali trvalý vplyv na štát.