Dej Monsters University je nasledovný:
James P. "Sully" Sullivan a jeho najlepší priateľ Michael "Mike" Wazowski sú prijatí na Monsters University. Obaja sa chcú pripojiť k Roar Omega Roar (ROR), najvyššiemu desivému bratstvu, ale sú odmietnutí, pretože nie sú dostatočne strašidelní. Pripojili sa k Oozma Kappa (OK), bratstvu, ktoré tvoria stratení a vydedenci. Sully a Mike sa stanú blízkymi priateľmi a naučia sa spolupracovať. Učia sa tiež, že strašenie nie je to najdôležitejšie v živote; priateľstvo a tímová práca sú dôležitejšie.